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秦汉时期．医学的进步，直接带动了导引术的发展。当时对人体各器官的结构和功能就已经有了大体的了解，西汉时期医学名著《黄帝内经》中就有“诸筋者，皆属于节”，“胸腹者，藏腹之郭也”。这指的是人体结构。
《内经》中总结导引疗法的适应症有“痿、厥、寒、热”和“息积”，临床配合“按乔”(按摩)进行；还提到以烫药、导引配合治疗筋病。东汉名医张仲景在《金匮要略》中强调以“导引、吐纳、针灸、膏摩”治疗四肢“重滞”症。在保留了华佗的一些佚文《中藏经》中也指出：“导引可逐客邪于关节”；“宜导引而不导引，则使人邪侵关节，固结难通”。汉代医家对导引疗病的认识逐步加深，使用导引疗法的范围也愈益扩大。
导引养生
导引在养生方面的应用也有新的进展。在老子学派和方士少有不少人积极利用导引作养生手段。如：汉初张良“愿弃人间事，欲从赤松子游耳，乃学辟谷、道(导)引、轻身”(《史记·留侯世家》)；李少君、东方朔等人以“导气养性”(《论衡·道虚》)；后汉人矫慎“仰慕松、乔导引之术”(《后汉书·逸民列传》)。“导养”之风，东汉盛于西汉，《后汉书·方术列传》中讲到的许多方士都是精于导引的养生家。这些人对导引的发展无疑是有贡献的，但其“导养”的目的是希冀“长生不老”做神仙．因此，当时流行的导引行气之类也掺入了一些神秘玄虚的东西。
然而，东汉著名的无神论者和唯物主义思想家桓谭，在他的《新论·形神》中认为：人的寿命是有限度的，长生不老是不存在的，主张不要夸大养生的作用，过分追求长寿。养护身体，或许可令坠齿复生，白发转黑，肌颜富有光泽，但人体到了衰竭的时候也会死亡的。桓谭的“养生有效，然而有限”的观点，是符合客观规律的、辩证的，在当时社会上起很大影响。之后的另一位伟大的唯物主义思想家王充，也是一位无神论者，对西汉以来社会上流传的各种神秘主义进行了无情的批判。
1973年湖南长沙马王堆3号汉墓出土的帛画《导引图》，乃是了解汉代导引发展的极其珍贵的资料。《导引图》中有彩绘的44个各种人物做各类导引的形象。每个图象均为一独立的导引术式，图侧并有简单的文字标出名目。这幅《导引图》充分反映了当时导引术式的多样性。从导引的功能方面看，既有用于治病的．也有用于健身的。从肢体运动的形式看，既有立式导引，也有步式和坐式导引；既有徒手的导引，也有使用器物的导引，既有配合呼吸运动的导引．也有纯属肢体运动的导引，此外，还有大量摹仿动物姿态的导引。当今体操中的一些基本动作,在《导引图》中大抵也能见到;也可以说这是迄今所发现的最早最完整的古代体操图样。
导引进入主流医学与医学气功的繁荣
气功是通过意识的运用使身心优化的自我锻炼方法。气功是二十世纪五十年代政府正式确定的正式名称，在古代有多种称呼，如养生、导引、吐纳、守一等等，不下30种。其中“导引”和“养生”最为贴切。导引，意为“导气令和，引体令柔”之意，比较全面地反映气功锻炼的内容，是技术关键：使“气”更平和，使“体”更柔软。养生，则更强调锻炼的目的，是内涵。为了呵护自我健康的导引和养生方法已经风行数千年，但是正式作为医疗手段之一而由中央政府权威机关颁布的则是公元610年。是年（隋大业六年），太医令巢元方（中央医院院长，相当于国家卫生部部长）发表《诸病源候论》一书。书中论述各种疾病的病因病机及症候变症，是中华医学史上最早也是最完整的一部中医病理学专著。全书共分五卷，六十七门，二千零三十九论。为张仲景著《伤寒论》、《金匮要略》以来最重要的医学著作。此书不同于前人之处在于，全书基本不涉及方药，只在每论末尾写上“其汤、熨、针、石，别有正方，补养宣导，今附于后。”一笔带过。相反，全书共载“养生方”或“导引法”289条，213种具体方法。可以说巢元方是集前此数千年医学气功成就之大成者。也是今日“医学气功学”最早的领路人。《诸病源候论》的问世，标志着气功在医学上的应用已进入成熟的阶段。“辩症施功”是本书的最大特色，全书所介绍的213法绝大多数是根据不同症候选用。五脏六腑诸病候均有不同方法。例如标明“肝病候”条目下的方法是“肝脏病者，愁忧不乐，悲思嗔怒，头眩眼痛，‘呵’气出而愈；“心病候”条目下导引法是：“心脏病者，有冷热，若冷‘呼’入；若热‘吹’气出”；“脾病候”导引法是：“脾脏病者，体面上游风习习，痛，身体痒，烦闷疼痛，用‘嘻’气出。”“肺病候”导引法：“肺脏病者，咽喉窒塞，腹满耳聋，用‘口四’气出。“呵”、“呼”、“吹”、“嘻”、“嘘”、“口四”六字用以治五脏病并非始自巢氏，五代梁朝之陶弘景（公元452－531）已有记述，但作为政府颁布之医疗方法则是巢氏的功劳。巢氏著作的另一特点是简明扼要。巢氏所介绍的各种方法均非常简单，便于日常实施。例如“风旋”，其养生方只有一个动作：“以两手抱右膝，着膺，除风旋。”仅八个字。治“大便不通”：“龟行气，伏衣被中，覆口、鼻、头、面，正卧，息息九道，微鼻出气。”寥寥14个字，把调形、调息要领剖明无遗。巢氏之法简明扼要，使得有志传播医学气功者易于效法和借鉴。术式复杂，不见得效果就一定好，相反，术式简明，却一定能开“方便”之门。
巢元方虽为医学气功之集大成者，但并非始作俑者。气功之用于呵护百姓健康早在远古就已盛行。马王堆汉墓文物的出土，张家山汉墓《引书》的复出，揭示了它曾经辉煌的一段历史。我们不仅可以从中得窥西汉以前经济、文化成就于一斑，而且从中更进一步认识到远古时期医学气功的伟大成就。马王堆出土的医学文献中除《五十二病方》、《脉法》、《阴阳脉死侯》等医书外，尚有关于经络文献三种：《阴阳十一脉灸经》两种（甲乙本）和《足臂十一脉灸经》一种，说明经络研究与医疗气功的发生和发展有着深刻的关系。李时珍在《奇经八脉考》中曾指出：奇经八脉为训练有素的气功家所发现。因为“经络隧道，惟返观者能照察之。”马王堆《导引图》和竹简《养生方》更直接反映汉初医学气功的研究成果。《导引图》所载的是各种医疗气功的“功法大全”。其中的辩证施功更早于巢元方的时代七百年。《却谷食气》篇是写在出土《导引图》的同一幅帛上的另一篇医疗气功文献。此文是写在《导引图》和《阴阳十一脉灸经》（乙本）之后，说明三种文献之间有一定的内在联系。《却谷食气》是医疗气功的有效手段之一，包含两方面内容：“辟谷”和“食气”，即通过一段时间的不吃粮食以达到治疗某种疾病为目的。《史记》说：张良“性多病，即导引不食谷。”看来“辟谷”治病至少在汉初上层有一定影响。“食气”又称“服气”、“采气”。此文正是介绍春夏秋冬不同季节里食气的各种注意事项及其原理。马王堆出土的《养生方》竹简木牍共两百余枚，主要阐明（1）养生必须顺应自然界的客观规律。（2）关注日常的饮食与卫生。（3）关注性生活的健康方式。《养生方》失传已久，它的再现，弥补我国传统医学性保健方面的空白。